Université Pierre et Marie Curie

Analyse de données - Ordinations et groupements

Chapitre 1. Introduction
Chapitre 2. L'Analyse en Composantes Principales (ACP)
2.1. Présentation
2.2. Formulaire
2.3. Exemple
2.3.1. Exemple 1
2.3.2. Exemple 2
2.4. Exemple programme Matlab
Chapitre 3. L'Analyse des Correspondances (AFC)
Chapitre 4. L'Analyse des Correspondances Multiples(AFCM)
Chapitre 5. Méthodes de classifications
Chapitre 6. Autres types de groupements.
Chapitre 7. Références
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2.3.2. Exemple 2

Exemple d'utilisation de l'Analyse en Composantes Principales


  • Données:
    Il s'agit de mesures effectuées sur des caryotypes de mollusques.Chez les 7 espèces d'huîtres creuses étudiées le nombre de chromosomes est de 10 paires .
    Un indice chromosomique est calculé pour chaque paire par le rapport entre les dimensions des petits bras et la dimension totale des bras :

    Les 7 espèces sont
    GI : Crassostrea gigas, AN : Crassostrea angulata, SI : Crassostrea sikamea, VI: Crassostrea virginica, AR : Crassostrea ariakensis, GA : Crassostrea gasar, Saccostrea commercialis

  • . Tableau des données.

  • Référence : Leitão A., Boudry P., Labat J.P. &Thiriot-Quiévreux C. 1999. Comparative karyological study of cupped oyster species. Malacologia 41, 175-186.


  • Paramétrisation de l'ACP:
    + L'ACP sera normée (les données seront centrées réduites): les variabilités des descripteurs étant différentes il est nécessaire de réduire (divisé par l'ecart-type), le centrage lui est une nécessité de la méthode.
    +  Les moyennes par espèces seront placées en individus supplémentaires.

  • Exécution de l'ACP sous SPAD:

Paramétrisation : Variables ,

individus

et généralités .


Exécution


Sorties

Listing :

Statistiques des variables et Matrice des corrélations :

Valeurs propres :

Corrélations variables-facteurs:

Coordonnées factorielles des Individus, contributions, cosinus carrés (corrélation) :


Plan 1/2 : les individus ou objets


Plan 1/2 : les variables ou descripteurs



J. Ph. Labat, mise à jour : 18-11-2004

 

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